Có một số hạn chế và khó khăn khi sử dụng công nghệ số trong việc quản lý rác thải:

1. Chi phí đầu tư cao: Chi phí đầu tư vào các giải pháp công nghệ số và chi phí triển khai, duy trì công nghệ có thể cao so với các chi phí khác.
2. Thay đổi thói quen, tập quán công việc: Chuyển đổi số đòi hỏi phải thay đổi thói quen, tập quán, điều này có thể gặp khó khăn khi thực hiện thay đổi.
3. Thiếu nhân lực nội bộ: Thiếu chuyên gia, nhân lực nội bộ am hiểu về công nghệ số là điểm nghẽn đối với tổ chức, khiến khả năng đạt thành công trong chuyển đổi số thấp hơn.
4. Thiếu cơ sở hạ tầng công nghệ số: Hạ tầng công nghệ số được coi là một trong những yếu tố quan trọng hàng đầu khi doanh nghiệp thực hiện chuyển đổi số.
5. Thiếu thông tin về công nghệ số: Việc không nắm được thông tin về các giải pháp và công nghệ hiện có và mức độ phù hợp với doanh nghiệp có thể khiến doanh nghiệp gặp khó khăn khi bước đầu áp dụng công nghệ vào hoạt động sản xuất kinh doanh của mình.
6. Khó khăn trong tích hợp các giải pháp công nghệ số: Việc sử dụng các phần mềm quản lý, phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh một cách rời rạc và không có quy hoạch khiến tổ chức gặp nhiều khó khăn trong việc tích hợp các giải pháp công nghệ thành một hệ thống xuyên suốt.
7. Thiếu cam kết, hiểu biết của Ban lãnh đạo, quản lý: Để chuyển đổi số một cách hiệu quả cần phải có sự cam kết của lãnh đạo từ cấp điều hành cho đến cán bộ quản lý cấp trung và người dân.